1967年 – 日本建築学会賞作品賞（大分県立大分図書館）（36歳）
1969年 – 芸術選奨新人賞美術部門（38歳）
1975年 – 日本建築学会賞作品賞（群馬県立近代美術館）（44歳）
1986年 – 王立英国建築家協会(RIBA)より、RIBAゴールドメダル受賞（55歳）
1988年 – 朝日賞受賞
1996年 – ヴェネツィア・ビエンナーレ建築展金獅子賞受賞（第6回ヴェネツィア・ビエンナーレ建築展日本館展示「亀裂」）（65歳）
2019年 – プリツカー賞受賞（磯崎は賞の設立から10年近く審査する側にいた[3]）